Modelo molecular teórico del receptor serotoninérgico 5HT2A acoplado a proteína G
Datum
2012-06-01Autoren
Malagón Bernal, Rafael Eduardo; Facultad de Ciencia y Tecnología, Departamento de Química Farmacéutica, Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales, Bogota D.C.Fernández Navas, Manuel Alejandro; Facultad de Ciencia y Tecnología, Departamento de Química Farmacéutica, Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales, Bogota D.C.
Acevedo Sarmiento, Orlando Emilio; Departamento de Física, Pontificia Universidad Javeriana, Bogota D.C., Colombia
Herausgeber
Pontificia Universidad Javeriana
Typ
Artículo de revista
ISSN
2027-1352
0122-7483
COAR
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Citación
Metadata
Zur LanganzeigeEnglischer Titel
Theoretical molecular model of the G protein-coupled 5HT2A serotonergic receptorZusammenfassung
Objetivo. Construir un modelo molecular teórico de la estructura terciara del receptor 5HT2A de Homo sapiens a partir de estructuras obtenidas experimentalmente como plantillas. Materiales y métodos. Para la realización del modelo teórico se contempló el protocolo establecido por Ballesteros y Weinstein para la construcción del receptor acoplado proteína G, por medio de alineamiento de la secuencia de aminoácidos, perfiles de hidrofobicidad, refinamiento de bucles por restricciones espaciales, y minimización de energía con el campo de fuerza OPLS_2005. Resultados. El modelo obtenido fue validado por el gráfico de Ramachandran con un 91,7% de aminoácidos dentro de los límites establecidos para ángulos phi y psi, y un RMSD de 0,95 Å con respecto a rodopsina de bovino. Conclusiones. Se obtuvo un modelo teórico validado, útil para realización de estudios de acoplamiento ligando-receptor.Palabras clave: receptor proteína G, perfil hidrofobicidad, gráfico Ramachandran, enlace ortoestérico, modelaje molecular.
Abstrakt
Objective Build a theoretical molecular model of the tertiary structure of the Homo sapiens 5HT2A receptor from experimentally obtained structures as templates. Materials and methods In the construction of the theoretical model we considered the protocol established by Ballesteros and Weinstein for the construction of the G-protein coupled receptor, by the alignment of the amino acid sequence, hydrophobicity profiles, refinement of loops by spatial restrictions and energy minimization with the force field OPLS_2005. Results The resulting model was validated by the Ramachandran plot with 91.7% of amino acids within the limits set for angles phi and psi and a RMSD of 0.95 Å with respect to bovine rhodopsin. Conclusions We obtained a validated theoretical model useful in studies of ligand-receptor docking.Key words: G protein receptor, hydrophobicity profile, Ramachandran plot, orthosteric site, molecular modelling.
Schlüsselwörter
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G protein receptor, hydrophobicity profile, Ramachandran plot, orthosteric site, molecular modelling
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