Validación de una técnica in-house para identificar el perfil genético del VHI-1 asociado a farmacorresistencia
Data
2019-09-04Autor(es)
Abella Barreto, CatleyaPublisher
Pontificia Universidad Javeriana
Faculdade
Facultad de Ciencias
Programa
Maestría en Ciencias Biológicas
Título obtido
Magíster en Ciencias Biológicas
Tipo
Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestría
COAR
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Citación
Metadata
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Resumo
El alto costo de los ensayos comerciales y el riguroso proceso de conservación del plasma para genotipificar, dificulta la vigilancia asociada a determinar la circulación de variantes del VIH-1 resistentes a los antirretrovirales en Colombia. Se estandarizó una técnica in-house para genotipificar la región que codifica la transcriptasa inversa (RT) y Proteasa (PR) del VIH-1 en plasma y gotas de sangre seca (GSS), utilizando 32 muestras de pacientes naive de subtipos B y no B (CRF 02-AG y F) del VIH-1, 11 de pacientes con previa exposición a TAR y 12 muestras de GSS, fortificadas con algunos de los plasma naive previamente descritos. En la evaluación del desempeño de la técnica se obtuvo una precisión entre réplicas de nucleótidos intracorrida del 99,94% (IC 95% entre 99,88 y 100) y de aminoácidos del 99,85% (IC 95% entre 99,66 y 100) y la precisión intermedia o intercorrida del 99,93% (IC 99,87 a 100) y 99,83% (IC 99,64 a 100) entre las secuencias de nucleótidos y aminoácidos respectivamente. Una sensibilidad analítica de la amplificación en plasma de 742 copias/ml y 5936 copias/ml en GSS, con un comportamiento lineal en muestras con cargas virales entre 3,03 Log10 copias ARN/ml y 6,17 Log10 copias ARN/ml de plasma. El porcentaje de amplificación en la matriz de GSS conservada fue del 54,4% y a temperatura ambiente del 36,4%. La concordancia de las mutaciones asociadas a resistencia obtenidas tuvo un alto nivel de concordancia frente a las dos técnicas de referencia con un índice kappa de 0,96. Por anterior se concluye que la prueba de genotipificación en desafío implementada estandarizada es eficaz para el diagnóstico de resistencia del VIH-1 a los antirretrovirales.
Abstract
The high cost of commercial trials and the rigorous process of plasma conservation to genotype difficult the monitor of drug resistant variants HIV-1 in Colombia. An in-house technique was standardized to genotype the region encoding the reverse transcriptase (RT) and Protease (PR) of HIV-1, using 32 plasma samples naive patients of B and non-B subtypes (CRF 02-AG and F) of HIV-1, 11 of patients with previous exposure to ART and 12 dried blood sample (DBS), fortified with some of the naive plasma previously described. In the evaluation of the performance of the technique, a precision between replicas of 99.94% (95% CI 99.88 and 100%) and amino acids of 99.85% was obtained (95% CI 99.66 and 100%). %) and intermediate precision of 99.93% (CI 99.87 at 100%) and 99.83% (CI 99.64 at 100%) between the nucleotide and amino acid sequences, respectively. An analytical sensitivity of the plasma amplification of 742 copies / ml and 5936 copies /ml in DBS, with a linear behavior between viral loads 3,03 Log10 copies ARN/ml y 6,17 Log10 copies ARN/ml of plasma sample. The percentage of amplification in DBS stored at 4 ° C was 60%. The concordance of the mutations associated with drug resistance (DMRs) obtained had a high level of agreement with the two reference techniques with a kappa index of 0.96. There for concluded that the genotyping test in challenge standardized implemented is effective for the diagnosis of resistance of HIV-1 to antiretroviral.
Cobertura Espacial
Bogotá (Colombia)Cobertura temporária
2016-2017Temas
Maestría en ciencias biológicas - Tesis y disertaciones académicasVIH
Resistencia a medicamentos
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