Expresión de manganeso peroxidasa en Pichia pastoris X-33 bajo el control del promotor constitutivo GAP
Date
2020-12-04Authors
Achury Camargo, Nixon JohanEvaluators
Montaña Lara, Jose SalvadorPublisher
Pontificia Universidad Javeriana
Faculty
Facultad de Ciencias
Program
Microbiología Industrial
Obtained title
Microbiólogo (a) Industrial
Corporate Author(s)
Pontificia Universidad Javeriana
Type
Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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Metadata
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English Title
Manganese peroxidase expression in Pichia pastoris X-33 under the control of the constitutive GAP promoterResumen
El incremento en la contaminación debido al vertimiento de sustancias tóxicas en diferentes cuerpos de agua causado por la industria ha incrementado la preocupación mundial, ya que estos vertimientos representan un riesgo para los ecosistemas, los animales y los humanos, siendo prioridad la búsqueda de soluciones y alternativas. En busca de soluciones se ha recurrido a los sistemas biológicos basados en el uso de microorganismos productores de enzimas con capacidad para degradar una gran variedad de compuestos, entre estos organismos están los hongos de podredumbre blanca que producen enzimas ligninolíticas como la manganeso peroxidasa. Debido a su lento crecimiento y a las condiciones específicas para producirlas se recurre a sistemas de producción heteróloga como Pichia pastoris. En este estudio se realizó la expresión de la enzima recombinante manganeso peroxidasa (E.C. 1.11.1.13) de P. chrysosporium en Pichia pastoris, bajo el control del promotor constitutivo GAP (gliceraldehido-3-fosfato deshidrogenasa). Para esto se optimizó la secuencia del gen codificante modificando el uso de codones mejorando cambiando el Índice de adaptación de codones (CAI) de 0,54 a 0,97 y se disminuyó el contenido GC a un 40,11% para lograr su expresión en P. pastoris. El gen sintético fue subclonado en pUC57 y transformado en E. coli (JM109) para aumentar la concentración del plásmido recombinante, extraer el gen y clonarlo en el vector de expresión pGAPZαA. El cual más adelante será integrado en el genoma de Pichia pastoris utilizando la técnica de electroporación. Con los clones recombinantes seleccionados se realizarán cinéticas de crecimiento en las que se medirán: actividad enzimática, fuente de carbono residual y se calcularon parámetros cinéticos (velocidad específica de crecimiento, tiempo de duplicación, rendimiento biomasa/sustrato y productividad). Adicionalmente, se realizó una revisión de literatura con respecto a la producción de diferentes proteínas heterólogas en sistemas inducibles y constitutivos especialmente empleando pAOX1 y pGAP y para la expresión de MnPH4. Dicha revisión permitió concluir que usar el promotor GAP puede implicar mayores beneficios, por ejemplo, al no usar metanol como inductor de la expresión, así como más facilidades en su uso, ya que, al ser un promotor constitutivo, que permite la trascripción de manera constante, es posible obtener mejores resultados con respecto a la producción y eficiencia de estas enzimas.
Abstract
The increase in pollution due to the dumping of toxic substances in different bodies of water caused by the industry has increased global concern, since these dumps represent a risk for ecosystems, animals and
humans, being a priority the search for solutions and alternatives. In search of solutions, biological systems
based on the use of enzyme-producing microorganisms with the ability to degrade a wide variety of
compounds have been resorted to, among these organisms are white rot fungi that produce ligninolytic
enzymes such as manganese peroxidase. Due to their slow growth and the specific conditions to produce
them, heterologous production systems such as Pichia pastoris are used. In this study, the expression of the
recombinant enzyme manganese peroxidase (E.C. 1.11.1.13) of P. chrysosporium in Pichia pastoris was carried
out, under the control of the constitutive promoter GAP (glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase). For
this, the coding gene sequence was optimized by modifying the use of codons, improving by changing the
Codon Adaptation Index (CAI) from 0.54 to 0.97 and the GC content was decreased to 40.11% to achieve
its expression in P. pastoris. The synthetic gene was subcloned into pUC57 and transformed into E. coli
(JM109) to increase the concentration of the recombinant plasmid, extract the gene and clone it into the
expression vector pGAPZαA. Which later will be integrated into the genome of Pichia pastoris using the
electroporation technique. With the selected recombinant clones, growth kinetics will be carried out in
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which the following will be measured: enzymatic activity, residual carbon source and kinetic parameters
(specific growth rate, doubling time, biomass / substrate yield and productivity) were calculated.
Furthermore, a literature review was carried out regarding the production of different heterologous proteins
in inducible and constitutive systems especially using pAOX1 and pGAP and for the expression of MnPH4.
This review allowed to conclude that using the GAP promoter may imply greater benefits, for example, by
not using methanol as an inducer of expression, as well as more facilities in its expression, since, by having
a constitutive promoter, which allows transcription in a constant way, it is possible to obtain better results
regarding the production and efficiency of these enzymes.
Themes
Microbiología industrial - Tesis y disertaciones académicasProteínas recombinantes
Enzimas - Investigaciones
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Collections
- Microbiología Industrial [837]