Estandarización de la extracción de ADN y la amplificación y visualización de cuatro marcadores moleculares (ADNmt (ATP8, 16S, NADH-5) y ADNnu (AMY)) para estudios genéticos de felinos neotropicales (Leopardus spp. y Herpailurus yagouaroundi)
Fecha
2022-05-26Autor(es)
Vega González, Javier DaríoDirector(es)
Pinedo Castro, Myreya OmayraEvaluador(es)
Infante González, John NelsonPublicador
Pontificia Universidad Javeriana
Facultad
Facultad de Ciencias
Programa
Biología
Título obtenido
Biólogo (a)
Tipo
Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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Citación
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Título en inglés
Standardization of DNA extraction and amplification and visualization of four molecular markers (mtDNA (ATP8, 16S, NADH-5) and nuDNA (AMY)) for genetic studies of Neotropical felids (Leopardus spp. and Herpailurus yagouaroundi)Resumen
Se estandarizaron los protocolos para la extracción de ADN y para la amplificación y electroforesis de los marcadores mitocondriales (ADNmt: ATP8, 16S, NADH-5) y nuclear (ADNnu: AMY) para felinos neotropicales (Leopardus spp. y Herpailurus yagouaroundi). Se utilizaron 94 muestras y 38 extraídos preparados previamente con correspondencia geográfica desde Nicaragua hasta Argentina. Se validaron los métodos de extracción orgánica Fenol-Cloroformo, inorgánica Chelex-100 y con Kit. Se encontró Fenol-cloroformo produjo extraídos de ADN de buena calidad y concentración, los cuales también amplificaron adecuadamente. Por otra parte, se estandarizaron las condiciones de PCR para 16S, la concentración tanto de ADN como de bromuro de etidio para la visualización y se validaron condiciones de PCR previamente reportadas para amplificar ATP8, NADH-5 y AMY. Se obtuvo 53 amplificados de los marcadores mitocondriales para 6 especies de Leopardus (L. colocolo, L. jacobita y L. geoffroyi., L. pardalis, L. tigrinus y L. wiedii) y dos de AMY, en los que se pudo determinar el sexo de individuos de L. pardalis y L. geoffroyi en gel de agarosa sin necesidad de recurrir a los de poliacrilamida.
Abstract
Protocols for DNA extraction and for amplification and electrophoresis of mitochondrial markers (mtDNA: ATP8, 16S, NADH-5) and nuclear (NDNA: AMY) were standardized for neotropical felines (Leopardus spp. and Herpailurus yagouaroundi). We used 94 samples and 38 extracts previously prepared with geographical correspondence from Nicaragua to Argentina. The methods of organic extraction Phenol-Chloroform, inorganic Chelex-100 and with Kit were validated. Phenol-chloroform was found to produce extracted DNA of good quality and concentration, which they also amplified adequately. On the other hand, the PCR conditions for 16S, the concentration of both DNA and ethydium bromide for visualization were standardized and previously reported PCR conditions were validated to amplify ATP8, NADH-5 and AMY. We obtained 53 amplified mitochondrial markers for 6 species of Leopardus (L. colocolo, L. jacobita and L. geoffroyi., L. pardalis, L. tigrinus and L. wiedii) and two of AMY, in which it was possible to determine the sex of individuals of L. pardalis and L. geoffroyi in agarose gel without the need to resort to polyacrylamide.
Palabras clave
Leopardus spp.Extracción de ADN
Amplificación de fragmentos
PCR
Electroforesis
Sexaje molecular
ATP8
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