Estandarización de condiciones de amplificación de fragmentos de ADN mitocondrial de especímenes colombianos del perico carisucio (Eupsittula pertinax)
Fecha
2022-07-06Autor(es)
Paz Cortés, Daniela NoemíDirector(es)
Pinedo Castro, Myreya Omayra ZoraidaEvaluador(es)
Echeverry Galvis, María ÁngelaPublicador
Pontificia Universidad Javeriana
Facultad
Facultad de Ciencias
Programa
Biología
Título obtenido
Biólogo (a)
Tipo
Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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Citación
Documentos PDF
Título en inglés
Standardization of conditions for amplification of mitochondrial DNA fragments from Colombian specimens of the Brown-throated Parakeet (Eupsittula pertinax)Resumen
Eupsittula pertinax se encuentra dentro de las aves con mayor número de incautaciones en la escena del
tráfico ilegal en Colombia. Estos especímenes de ser liberados retornarían a los rangos de distribución
de la especie, sin embargo, morfológica y geográficamente no hay certeza sobre la subespecie a la que
pertenecen. El uso de herramientas moleculares podría solucionar este vacío de conocimiento, para este
propósito se estandarizaron las condiciones de la PCR para cuatro marcadores mitocondriales (COI, 12S,
16S y ND2) que a futuro sean base para la identificación de las subespecies de E. pertinax. Se extrajo el
ADN de 33 individuos, a partir de las almohadillas plantares y uñas de ejemplares de colecciones
biológicas (12) y sangre de individuos decomisados por tráfico residentes en hogares de paso (21). Se
estandarizaron las temperaturas de hibridación óptimas para los primers de cada marcador. Se obtuvieron
en total 33 secuencias correspondientes a 14 individuos de E.pertinax y uno de Aratinga weddellii. Se
realizaron análisis de distancias de estas secuencias mediante árboles Neighbor Joining (NJ) individuales
para cada marcador como para concatenaciones entre marcadores
Abstract
Eupsittula pertinax is among the birds with the highest number of seizures in the scenario of illegal trafficking in Colombia. These specimens, if released, would return to the distribution range of the species; however, morphologically and geographically there is no certainty about the subspecies to which they belong. The use of molecular tools could solve this knowledge gap.
PCR conditions were standardized for four mitochondrial markers (COI, 12S, 16S and ND2) that in the future will be the basis for the identification of E. pertinax subspecies. DNA from 33 individuals was extracted from plantar pads and nails of specimens from biological collections (12) and blood from individuals seized for trafficking residing in transient homes (21).
Optimal hybridization temperatures were standardized for the primers of each marker. A total of 33 sequences corresponding to 14 individuals of E. pertinax and one of Aratinga weddellii were obtained. Distance analyses of these sequences were performed using individual Neighbor Joining (NJ) trees for each marker as well as concatenations between markers.
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