Regiones cromosómicas asociadas a la Apnea Obstructiva del Sueño (AOS) identificadas mediante GWAS para diagnóstico en medicina de precisión

Clavijo Jaramillo, María Cristina; Díaz Cortés, María Paula

Regiones cromosómicas asociadas a la Apnea Obstructiva del Sueño (AOS) identificadas mediante GWAS para diagnóstico en medicina de precisión

dc.contributor.advisor	Suarez Castillo, Angela
dc.contributor.advisor	Otero Mendoza, Liliana Margarita
dc.contributor.author	Clavijo Jaramillo, María Cristina
dc.contributor.author	Díaz Cortés, María Paula
dc.contributor.evaluator	Gutiérrez Prieto, Sandra Janeth
dc.contributor.evaluator	Aristizabal Pachón, Andrés Felipe
dc.date.accessioned	2022-02-16T13:04:59Z
dc.date.available	2022-02-16T13:04:59Z
dc.date.created	2021-06-30
dc.description.abstract	Antecedentes: La Apnea Obstructiva del Sueño (AOS) es un trastorno respiratorio del sueño común en la población general que es considerada un factor de riesgo para enfermedades cardiovasculares y neurocognitivas, sin embargo, las variantes genéticas asociadas a AOS aún no han sido totalmente establecidas. Objetivo: Identificar las regiones cromosómicas asociadas a la AOS mediante un Estudio de Asociación de Genoma Completo (GWAS) para el diagnóstico en medicina de precisión. Materiales y métodos: Se realizó un estudio observacional analítico de corte transversal con orientación al análisis de casos y controles. Se seleccionaron 400 pacientes con diagnóstico polisomnográfico para trastornos del sueño. Posteriormente, se recolectaron muestras de sangre o saliva, se realizó la extracción de ADN y las muestras fueron enviadas a Cincinnati Children´s Hospital Medical Center para análisis GWAS utilizando Illuminia Infinum CoreExome. Mediante herramientas de “machine learning”, se realizó la asociación de variables aplicando el Análisis de Componentes Principales (PCA) y el test Cochran-Armitage trend. Se realizaron análisis de Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) y cálculos para determinar la frecuencia de los alelos en la muestra comparados con la población (alelos de mayor y menor frecuencia). Para validar las variantes genéticas estadísticamente significativas en GWAS, se realizó un análisis de correlación de modelos multivariables. Resultados: Después de realizar los análisis de PCA y HWE, un total de 336 muestras fueron incluidas (205 casos y 129 controles), evaluando 542,585 SNP´s para cada paciente. Se encontraron 17 SNPs asociados significativamente con riesgo o protección para AOS (P < 0.00001). Se localizaron 3 regiones cromosómicas asociadas con riesgo de presentar AOS: SERPINE2 (p=1.19E-05 OR=2.132), EHMT1 (p=3.20E-05 OR=2.061) y rs6497103 (p=1.73E-05 OR=2.078); mientras que las restantes se consideraron como regiones cromosómicas protectoras para el desarrollo de AOS. Conclusiones: Los resultados de este estudio preliminar sugieren que los genes SERPINE2, EHMT1 y el SNP rs6497103 están asociados con el riesgo de presentar AOS en adultos.	spa
dc.description.abstractenglish	Background: Obstructive Sleep Apnea (OSA) is a common sleep breathing disorder in the general population that is considered a risk factor for cardiovascular and neurocognitive diseases, however, the genetic variants associated with OSA have not yet been fully established. Objective: To identify the chromosomal regions associated with OSA by a Genome-Wide Association Study (GWAS) for precision medicine diagnosis. Materials and methods: A cross-sectional analytical observational study was carried out based on case-control analysis. 400 patients with polysomnographic diagnosis for sleep disorders were selected. Subsequently, blood or saliva samples were collected, DNA extraction was performed, and the samples were sent to Cincinnati Children's Hospital Medical Center for GWAS analysis using Illuminia Infinum CoreExome. Using "machine learning" tools, the association of variables was carried out applying the Principal Component Analysis (PCA) and the Cochran-Armitage trend test. Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) analyzes and calculations were performed to determine the frequency of alleles in the sample compared to the population (highest and lowest frequency alleles). To validate the statistically significant genetic variants in GWAS, a multivariate model correlation analysis was performed. Results: After performing the PCA and HWE analyses, a total of 336 samples were included (205 cases and 129 controls), evaluating 542,585 SNPs for each patient. 17 SNPs were found to be significantly associated with risk or protection for OSA (P < 0.00001). Three chromosomal regions associated with risk for OSA were located: SERPINE2 (p=1.19E-05 OR=2.132), EHMT1 (p=3.20E-05 OR=2.061) and rs6497103 (p=1.73E-05 OR=2.078); while the rest were considered as protective chromosomal regions for the development of OSA. Conclusions: The results of this preliminary study suggest that the SERPINE2, EHMT1 and SNP rs6497103 genes are associated with the risk of developing OSA in adults.	spa
dc.description.degreelevel	Especialización	spa
dc.description.degreename	Especialista en Ortodoncia	spa
dc.description.sponsorship	Ministerio de ciencia, tecnología e innovación Minciencias	spa
dc.format	PDF	spa
dc.format.mimetype	application/pdf	spa
dc.identifier.instname	instname:Pontificia Universidad Javeriana	spa
dc.identifier.reponame	reponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javeriana	spa
dc.identifier.repourl	repourl:https://repository.javeriana.edu.co	spa
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/10554/59157
dc.language.iso	spa	spa
dc.publisher	Pontificia Universidad Javeriana	spa
dc.publisher.faculty	Facultad de Odontología	spa
dc.publisher.program	Especialización en Ortodoncia	spa
dc.rights.accessrights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coar	http://purl.org/coar/access_right/c_abf2	spa
dc.rights.licence	Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional	*
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dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/	*
dc.subject	Apnea	spa
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dc.subject	Aos	spa
dc.subject	Gen	spa
dc.subject	Asociación	spa
dc.subject	Regiones	spa
dc.subject.armarc	Especialización en ortodoncia - Tesis y disertaciones académicas	spa
dc.subject.armarc	Síndromes de la apnea del sueño	spa
dc.subject.armarc	Medicina de precisión	spa
dc.subject.keyword	Apena	spa
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dc.subject.keyword	Osa	spa
dc.subject.keyword	Gene	spa
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dc.subject.keyword	Regions	spa
dc.title	Regiones cromosómicas asociadas a la Apnea Obstructiva del Sueño (AOS) identificadas mediante GWAS para diagnóstico en medicina de precisión	spa
dc.title.english	Chromosomal regions associated with Obstructive Sleep Apnea (OSA) identified by GWAS for precision medicine diagnosis	spa
dc.type.coar	http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.driver	info:eu-repo/semantics/bachelorThesis
dc.type.hasversion	http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aa
dc.type.local	Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Especialización	spa