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Predicción computacional de estructura terciaria de las proteínas humanas Hsp27, αB-cristalina y HspB8

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dc.contributorEl presente trabajo es producto del proyecto 025-ME-2007 subvencionado por el Centro de Desarrollo Científico Humanístico y Tecnológico (CDCHT) de la Universidad Centroccidental Lisandro Alvarado, Barquisimeto, Venezuela.spa
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dc.contributor.authorSáenz-Suárez, Homero; Unidad de Biología Celular y Microscopía. Decanato de Ciencias de la Salud. Universidad Centroccidental Lisandro Alvarado. Barquisimeto
dc.contributor.authorLareo, Leonardo René; Grupo de Bioquímica Computacional y Bioinformática, Departamento de Bioquímica, Facultad de Ciencias. Pontificia Universidad Javeriana. Bogotá, D.C.
dc.contributor.authorOribio-Quinto, Carlos; Unidad de Biología Celular y Microscopía. Decanato de Ciencias de la Salud. Universidad Centroccidental Lisandro Alvarado. Barquisimeto
dc.contributor.authorMartínez-Mendoza, Juan; Unidad de Biología Celular y Microscopía. Decanato de Ciencias de la Salud. Universidad Centroccidental Lisandro Alvarado. Barquisimeto,
dc.contributor.authorChávez-Zobel, Aura; Unidad de Biología Celular y Microscopía. Decanato de Ciencias de la Salud. Universidad Centroccidental Lisandro Alvarado. Barquisimeto,
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dc.date.accessioned2018-02-24T15:59:32Z
dc.date.accessioned2020-04-15T18:08:15Z
dc.date.available2018-02-24T15:59:32Z
dc.date.available2020-04-15T18:08:15Z
dc.date.created2011-01-01
dc.descriptionObjetivo. Realizar predições computacionais da estrutura das proteínas humanas Hsp27, αB–cristalina e HspB8. Materiais e métodos. A predição da estrutura secundária foi obtida através de um consenso dos programas de predição secundária GOR 4, nnPred, Sspro, APSSP2, JPredict, Porter, Prof, SOPMA, HNN e Psi-Pred.  Os modelos de estrutura terciária foram desenvolvidos a partir de fragmentos homólogos de proteínas com estrutura terciária conhecida que foram obtidos por alinhamentos múltiplos. Utilizando a seqüência primária foram obtidos perfis de antigenicidade das proteínas nativas e foram analisados os perfis de hidrofobicidade, polaridade, flexibilidade e acessibilidade, tanto da proteína nativa, como das mutantes. Resultados. As predições de estrutura secundária e terciária das proteínas estudadas mostram que nos três casos, mais de 65% são regiões em coil, 20-25% de folha pregueada e inferior a 10% em alfa-hélice. A análise da estrutura primária mostra que pelo menos um dos perfis estudados, em cada mutação está alterado. Conclusões. A análise comparativa da estrutura sugere que as mutações afetam a solubilidade das proteínas mutantes e, assim, sua função como chaperones moleculares. Palavras-chave: Hsp27, αB-crystalina, HspB8, predição da estrutura secundária, modelo computacional estrutura terciária.por
dc.description.abstractObjetivo. Realizar predicciones computacionales de estructura de las proteínas humanas Hsp27, αB cristalina y HspB8. Materiales y métodos. La predicción de la estructura secundaria se obtuvo mediante un consenso de los programas de predicción secundaria GOR 4,nnPred,Sspro, APSSP2, JPredict, Porter, Prof, SOPMA, HNN y Psi-Pred. Los modelos de estructura terciaria se elaboraron a partir de fragmentos homólogos de proteínas con estructura terciaria conocida que fueron obtenidos por múltiples alineamientos. Empleando la secuencia primaria se obtuvieron perfiles de antigenicidad de las proteínas nativas y fueron analizados los perfiles de hidrofobicidad, polaridad, flexibilidad, accesibilidad tanto de las proteínas nativas como de las mutadas. Resultados. Las predicciones de estructura secundaria y terciariade las proteínas estudiadas muestran que en los tres casos, más del 65% son regiones en coil, 20-25% en hoja plegada y menos del 10% en alfa hélice. Los análisis de estructura primaria muestran que al menos uno de los perfiles estudiados, en cada mutación está alterado. Conclusiones. Los análisis comparativos de estructura sugieren que las mutaciones afectan la solubilidad de las proteínas mutadas y con ello su función como chaperonas moleculares. Palabras clave: Hsp27, αB-cristalina, HspB8, predicción de estructura secundaria, modelo computacional estructura terciaria.spa
dc.description.abstractenglishObjective: To make computational predictions of the structure of the human proteins Hsp27, αB-crystalline and HspB8. Materials and methods. The prediction of the secondary structure was obtained by a consensus of the programs for secondary prediction GOR 4, nnPred, Sspro, APSSP2, JPredict, Porter, Prof, SOPMA, HNN and Psi-Pred. The models of tertiary structure were built from fragments homologous to proteins with tertiary known structure that were obtained by multiple alignments. Using the primary sequence we obtained the antigenicity profiles of native proteins and we analyzed the profiles of hydrophobicity, polarity, flexibility and accessibility of both native and mutant proteins. Results. Predictions of the secondary and tertiary structures of the studied proteins show that in the three cases, more than 65% are coil regions, 20-25 % are folded sheet and less than 10% are alpha helix. Analyses of the primary structure show that at least one of the studied profiles in every mutation is altered. Conclusions. The comparative analyses of structure suggest that mutations affect the solubility of the mutated proteins and hence affect their function as molecular chaperones Key words: Hsp27, αB-cristalline, HspB8, prediction of secondary structure, computational model of tertiary structureeng
dc.formatPDFspa
dc.format.mimetypeapplication/pdfspa
dc.format.mimetypetext/htmlspa
dc.identifierhttp://revistas.javeriana.edu.co/index.php/scientarium/article/view/1347
dc.identifier10.11144/javeriana.SC16-1.cpot
dc.identifier.issn2027-1352
dc.identifier.issn0122-7483
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10554/31276
dc.language.isoeng
dc.publisherPontificia Universidad Javerianaeng
dc.relation.citationissueUniversitas Scientiarum; Vol 16, No 1 (2011); 15-28eng
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dc.relation.citationissueUniversitas Scientiarum; Vol 16, No 1 (2011); 15-28por
dc.relation.urihttp://revistas.javeriana.edu.co/index.php/scientarium/article/view/1347/813
dc.relation.urihttp://revistas.javeriana.edu.co/index.php/scientarium/article/view/1347/4278
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2spa
dc.rights.licenceAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional*
dc.subjectnullspa
dc.subjectHsp27, αB-cristalline, HspB8, prediction of secondary structure, computational model of tertiary structurespa
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dc.titlePredicción computacional de estructura terciaria de las proteínas humanas Hsp27, αB-cristalina y HspB8spa
dc.titlePredição computacional da estrutura terciária das proteínas humanas Hsp27, αB-cristalina e HspB8.por
dc.title.englishComputational prediction of tertiary structure of the human proteins Hsp27, αB-crystalline and HspB8.eng
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501
dc.type.driverinfo:eu-repo/semantics/article
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85
dc.type.localArtículo de revistaspa

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